组织性质

著作权集体管理组织：其组织形式必须是非营利性的法人社团，并可以以自己的名义从事著作权管理活动。版权代理：以盈利为目的的机构或自然人。

运营方式

著作权集体管理组织：解决权利人无法行使也缺乏有效控制力的、具有海量使用者的开放性权利的许可和收费问题，以最大化地实现权利人的获酬权，采用信托的方式进行管理。版权代理：代理的基本都是能够有效控制的权利，无法行使的权利他们无法代理，采用市场交易的方式运营。

收益分配

著作权集体管理组织：版权使用费收入百分之百地分配给权利人。版权代理：以被代理人的名义进行活动，从中赚取佣金或者差价。

面向群体

著作权集体管理组织：面向所有的使用者提供海量的作品。版权代理：面向特定的使用者提供特定的作品。

是否受监管

著作权集体管理组织：必须接受国务院著作权管理机关和社会公众的监督。版权代理：纯粹是私权交易，政府和他人不予干涉。